La trayectoria de Matías Fernández en la selección chilena estuvo marcada por una dualidad constante: un talento indiscutido que lo hacía indispensable en las consideraciones técnicas y una fragilidad física que, en repetidas ocasiones, lo alejó de los momentos más cruciales de La Roja. A lo largo de su carrera como futbolista, Fernández militó en clubes de gran prestigio, lo que mantuvo su nombre siempre presente en la lista de convocados; sin embargo, las lesiones se convirtieron en el principal obstáculo para consolidar su presencia en el equipo nacional.
Uno de los golpes más significativos ocurrió previo a la Copa América Centenario. El volante estaba plenamente preparado para el inicio del certamen disputado en Estados Unidos, pero el destino le jugó una mala pasada durante un entrenamiento. Una torsión en su rodilla izquierda lo obligó a dar un paso al costado, impidiéndole ser parte del plantel que buscaría mantener el prestigio del equipo. Esta situación forzó al entonces director técnico, Juan Antonio Pizzi, a buscar alternativas en el mediocampo para suplir la ausencia del creativo.
Tras perderse la oportunidad de luchar por el bicampeonato continental, "Matigol" centró sus esfuerzos en recuperar su estado físico para contribuir en las Eliminatorias rumbo al Mundial de Rusia 2018. No obstante, el camino al regreso no fue sencillo y las molestias físicas continuaron acechándolo. El 6 de septiembre de 2016, Chile se enfrentaba a Bolivia en el Estadio Monumental, un escenario donde Fernández había dejado huellas de su calidad en el pasado. En aquella ocasión, Pizzi decidió manejar la carga de trabajo del jugador, dejándolo inicialmente en el banco de suplentes y optando por la titularidad del "Chino" Millar para organizar la zona medular.
El encuentro se tornó complejo para el equipo chileno, que se encontró con una defensa boliviana sumamente cerrada y compacta. Ante la dificultad de romper el cerrojo defensivo, el entrenador argentino decidió recurrir al talento del jugador de la Fiorentina. Fernández ingresó al campo de juego al minuto 53, y su impacto fue inmediato. Desde los primeros instantes, el volante le dio un aire renovado al ataque de La Roja, desplegando su capacidad para filtrar pases y habilitar a sus compañeros, buscando otorgar la claridad que el equipo no había logrado durante la primera mitad. Incluso, poco después de su ingreso, Matías puso un pase preciso para Eugenio Mena, generando una de las aproximaciones más claras del partido.
Sin embargo, la esperanza duró muy poco. Apenas nueve minutos después de haber ingresado, el volante comenzó a hacer señas hacia el banquillo para solicitar el cambio. Al minuto 62, las cámaras de la transmisión televisiva capturaron una imagen desgarradora: Matías Fernández abandonaba el terreno de juego entre lágrimas. La frustración y el dolor eran evidentes, y el jugador fue consolado inmediatamente por el cuerpo técnico y sus compañeros, destacando el apoyo de Mauricio Pinilla y Edson Puch, quienes se acercaron rápidamente para brindar consuelo al mediocampista. Felipe Gutiérrez fue quien ingresó para ocupar su lugar.
La carga emocional de aquella escena era profunda. Fernández venía de atravesar meses complicados tras quedar fuera de la Copa América Centenario por la lesión en su rodilla izquierda. Justo cuando parecía haber recuperado el protagonismo y la confianza en la selección, el cuerpo volvía a fallar. Horas más tarde, los reportes médicos confirmaron que el problema era un desgarro muscular en el muslo izquierdo.
Juan Antonio Pizzi, quien había apostado por el ingreso de Fernández para destrabar el partido, lamentó lo sucedido. Tras el encuentro, el técnico aseguró que habían tratado de cuidar al jugador lo más posible, señalando que estas son situaciones a las que todos los futbolistas están expuestos. Además, reveló que su plan táctico consistía en darle mayor libertad a Charles Aránguiz, retrasándolo en la cancha para cubrir el espacio que dejaría el volante de la Fiorentina, una estrategia que lamentablemente solo pudo ejecutarse durante nueve minutos.
El resultado final del encuentro fue un empate 0-0, lo que significó la pérdida de dos puntos vitales para Chile en su camino hacia Rusia 2018. La Roja no logró descifrar la estrategia de una selección boliviana replegada, donde Carlos Lampe destacó como una de las figuras principales. Pero para Matías Fernández, el resultado deportivo quedó en segundo plano. Aquel 6 de septiembre de 2016 marcó sus últimos minutos oficiales con la camiseta de la selección chilena. Lo que comenzó como una misión para aportar talento terminó en un adiós prematuro y doloroso, cerrando así su historia con La Roja en el mismo estadio donde tantas veces brilló.
